Theo đó, trường hợp doanh nghiệp đáp ứng đủ điều kiện quy định tại Khoản 5, Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện hoàn trước kiểm tra sau thì cơ quan hải quan thực hiện theo quy định hiện hành.
Trường hợp doanh nghiệp nộp bổ sung C/O nhưng không đáp ứng đủ điều kiện quy định tại Khoản 5, Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC nêu trên thì thực hiện kiểm tra trước khi hoàn thuế; nếu C/O bảo đảm hợp lệ, đáp ứng đầy đủ điều kiện theo hướng dẫn tại Công văn số 1122/TCHQ-GSQL ngày 5/2/2016 của Tổng cục Hải quan về việc kiểm tra tính hợp lệ của C/O thì cơ quan hải quan thực hiện hoàn thuế cho doanh nghiệp theo quy định hiện hành.