Công ty TNHH Laguna (Việt Nam) được Ban quản lý Khu kinh tế Chân Mây - Lăng Cô (nay là Ban quản lý Khu Kinh tế, công nghiệp tỉnh Thừa Thiên - Huế) cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư lần đầu ngày 7/3/2007, điều chỉnh lần thứ 11 ngày 25/5/2019 trong đó có phần ghi nhận ưu đãi, hỗ trợ cho dự án Laguna Lăng Cô là "giảm 50% số thuế thu nhập cá nhân (TNCN) phải nộp đối với người có thu nhập thuộc diện chịu thuế trực tiếp làm việc tại Khu kinh tế Chân Mây - Lăng Cô".
Quy định trên là cụ thể hóa các quy định tại Quyết định số 04/2006/QĐ-TTg ngày 5/1/2006 của Thủ tướng Chính phủ, Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ (hiệu lực từ ngày 10/4/2008).
Tuy nhiên, Nghị định số 82/2018/NĐ-CP ban hành ngày 22/5/2018 không còn quy định về vấn đề miễn thuế TNCN. Theo đó, Cục Thuế tỉnh Thừa Thiên - Huế yêu cầu toàn bộ nhân viên thuộc diện thu nhập chịu thuế đang làm việc cho dự án Laguna Lăng Cô phải kê khai nộp thuế theo mức chung.
Theo Công ty TNHH Laguna (Việt Nam), yêu cầu nêu trên chưa hợp lý, với lý do, Khoản 3, Điều 34 Luật Thuế TNCN (có hiệu lực từ ngày 1/1/2009) nêu rõ, các ưu đãi về thuế TNCN được quy định tại các văn bản có hiệu lực trước ngày 1/1/2009 thì tiếp tục được hưởng ưu đãi.
Nghị định 82/2018/NĐ-CP không quy định việc không ưu đãi thuế TNCN đối với người làm việc trong khu kinh tế không làm mất đi quyền lợi hưởng ưu đãi về thuế của người lao động làm việc tại dự án Laguna Lăng Cô.
Mặt khác, theo Điều 13 Luật Đầu tư, trong trường hợp văn bản pháp luật mới quy định mức ưu đãi thấp hơn văn bản pháp luật cũ thì nhà đầu tư được quyền áp dụng các ưu đãi của văn bản pháp luật cũ.
Các ưu đãi mà nhà đầu tư được áp dụng theo điều này là các ưu đãi đã được ghi nhận trong nhiều loại văn bản trong đó có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Qua Hệ thống Tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Công ty TNHH Laguna (Việt Nam) đề nghị cơ quan có thẩm quyền xem xét, giải đáp vướng mắc nêu trên.
Về vấn đề này, Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính có ý kiến như sau:
Khoản 3, Điều 12 Quy chế hoạt động của Khu kinh tế Chân Mây – Lăng Cô, tỉnh Thừa Thiên – Huế ban hành kèm theo Quyết định số 04/2006/QĐ-TTg ngày 5/1/2006 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập và ban hành Quy chế hoạt động của Khu kinh tế Chân Mây – Lăng Cô quy định:
“Giảm 50% thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao, kể cả người Việt Nam và người nước ngoài làm việc tại Khu kinh tế Chân Mây – Lăng Cô”.
Khoản 3, Điều 34 Luật Thuế TNCN năm 2007 quy định:
“Những khoản thu nhập của cá nhân được ưu đãi về thuế quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước ngày Luật này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng ưu đãi”.
Khoản 5, Điều 16 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu kinh tế, khu công nghiệp và khu chế xuất quy định:
“Giảm 50% thuế thu nhập đối với người có thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập, kể cả người Việt Nam và người nước ngoài làm việc tại khu kinh tế”.
Như vậy, căn cứ các quy định nêu trên, cá nhân làm việc trong Khu kinh tế Chân Mây – Lăng Cô tiếp tục được giảm 50% thuế TNCN theo quy định tại Nghị định số 29/2008/NĐ-CP.
Ngày 22/5/2018, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 82/2018/NĐ-CP quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế có hiệu lực từ ngày 10/7/2018 (thay thế Nghị định số 29/2008/NĐ-CP). Nghị định số 82/2018/NĐ-CP không quy định giảm thuế TNCN đối với cá nhân làm việc tại khu kinh tế.
Cá nhân làm việc tại khu kinh tế không được giảm 50% thuế TNCN như trước đây kể từ ngày 10/7/2018 là ngày Nghị định số 82/2018/NĐ-CP có hiệu lực thi hành.
Khoản 2, Điều 13 Luật Đầu tư năm 2014 quy định:
“Trường hợp văn bản pháp luật mới được ban hành quy định ưu đãi đầu tư thấp hơn ưu đãi đầu tư mà nhà đầu tư được hưởng trước đó thì nhà đầu tư được tiếp tục áp dụng ưu đãi đầu tư theo quy định trước đó cho thời gian hưởng ưu đãi còn lại của dự án”.
Quy định về ưu đãi đầu tư tại Khoản 2, Điều 13 Luật Đầu tư năm 2014 nêu trên là áp dụng đối với nhà đầu tư.