Dự án đầu tư xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Ngang nằm trên tuyến Quốc lộ 1, có điểm đầu tại Km591+550 thuộc địa phận xã Kỳ Nam, huyện Kỳ Anh, tỉnh Hà Tĩnh và điểm cuối tại Km594+393,6 thuộc địa phận xã Quảng Đông, huyện Quảng Trạch, tĩnh Quảng Bình, về phía địa phận tỉnh Quảng Binh, trong thời gian qua, chính quyền địa phương các cấp và nhân dân trong tỉnh luôn đồng hành và tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp hoạt động, không có hiện tượng gây rối làm mất an ninh, trật tự cũng như sự phản đối của người dân địa phương đối với dự án BOT Hầm đường bộ qua Đèo Ngang
Ngày 26/8/2016, Bộ Kê hoạch và Đầu tư nhận được Hồ sơ đề nghị điều chỉnh GCNĐKĐT đăng ký bổ sung hạng mục mờ rộng hầm đường bộ qua Đèo Ngang vào Hợp đồng BOT Dự án đầu tư xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Ngang - Quốc lộ 1, tỉnh Hà Tĩnh và tỉnh Quảng Bỉnh (sau đây gọi tắt là Dự án) của Tổng công ty Sông Đà
Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có văn bản số 8793/BKHĐT-GSTĐĐT ngày 21/10/2016 đề nghị các bên ký Thỏa thuận đầu tư Dự án giải trình, bổ sung hồ sơ Dự án. Các bên đã có văn bản giải trình bổ sung (Văn bản số 12687/BGTVT- ĐTCT ngày 27/10/2016 của Bộ Giao thông vận tải và Văn bản số 1923/TCT- CLĐT ngày 26/10/2016 của Tổng công ty Sông Đà).
Qua thông tin từ Báo Tiền Phong (ngày 26/12/2016), tại Hội nghị tổng kết năm 2016, Thanh ừa Bộ Giao thông vận tải công bố thông tin liên quan đến Dự án.Theo đó, Dự án được xác định đã thu phí vượt thời hạn thu phí 2 năm. Trong khi đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam (Văn bản số 1064/TCĐBVN-TC ngày 14/3/2016) báo cáo Bộ Giao thông vận tải về Dự án đầu tư xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Ngang, dự kiến sẽ kết thúc thời gian thu phí hoàn vốn và tạo lợi nhuận cho Nhà đầu tư từ ngày 18/01/2017.
Do vậy, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có văn bản số 167/BKHĐT-GSTĐĐT ngày 09/01/2017 yêu cầu các Bên giải trình lần 2, trong đó đề nghị Bộ Giao thông vận tải và Nhà đầu tư làm rõ 5 vấn đề:
+ Đánh giá và cân nhắc lại sự cần thiết mở rộng hầm đường bộ qua Đèo Ngang thành 04 làn xe trong bối cảnh nhiều tuyến đường bộ song song với tuyến hầm đường bộ qua Đèo Ngang đã và sẽ được đầu tư như: tuyến đường Hồ Chí Minh, đường ven biển và tuyến đường cao tốc, đảm bảo hiệu quả đầu tư Dự án.
+ Làm rõ trách nhiệm của tổ chức và cá nhân trong việc cung cấp sô liệu thiếu chính xác cho Bộ Ke hoạch và Đầu tư về thời gian thu phí hoàn vốn và tạo lợi nhuận cho Nhà đầu tư trong hồ sơ đề nghị điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Trường hợp Dự án đã thu đủ phí hoàn Yốn như báo chí đã nêu, đề nghị Bộ Giao thông vận tải hoàn tất các thủ tục liên quan đến Dự án và chịu hoàn toàn trách nhiệm về sự chuẩn xác của các số liệu báo cáo theo luật định
+ Bộ Giao thông vận tải hoàn thiện các thủ tục phê duyệt quyết toán và các thủ tục kiểm toán báo cáo quyết toán toàn bộ Dự án theo quy định tại Điều 25 Thông tư số 55/2016AT-BTC ngày 23/3/2016 của Bộ Tài chính quy định một số nội dung về quản lý tài chính đối với dự án đầu tư theo hình thức đối tác công tư và chi phí lựa chọn nhà đầu tư.
+ Rà soát lại Phương án tài chính Dự án, trong đó lưu ý chuẩn xác thời gian thu phí và thời điểm kết thúc thu phí để chuyển giao Dự án.
+ Hoàn tất các thủ tục pháp lý liên quan đến Hợp đồng Dự án số ị 1/2002/GTVT-KHĐT ngày 13/11/2002 theo quy định.
Ngày 05/04/2017, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có văn bản số 2879/BKHĐT-GSTĐĐT thông báo cho Tổng công ty Sông Đà việc dừng xem xét hồ sơ đề nghị điều chỉnh GCNĐKĐT Dự án, vì chưa đủ thủ tục theo quy định.
Ngày 02/6/2017, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có Văn bản số 4453/BKHĐT- -KCHTDT ngày Q2/6/2017 gửi Văn phòng Chính phủ. Trong đó, Bộ Ke hoạch và Đầu tư đề nghị Bộ Giao thông vận tải phối họp với nhà đầu tư (Tổng công ty Sông Đà) đánh giá lại lưu lượng, phương án tài chính của dự án, các khoản chi phí nhà đầu tư đặ thanh toán đồng thời làm rõ hơn nữa lý do chưa triển khai thực hiện, dự kiến thời gian thực hiện (nếu có) và chịu ừách nhiệm về đề xuất của mình.
Đến nay, Bộ Kế hoạch và Đầu tư vẫn chưa nhận được hồ sơ giải trình bổ sung của Bộ Giao thông vận tải và Nhà đầu tư.