Tại Quyết định số 746/QĐ-TTG ngày 29/5/2016 về việc điều chỉnh cơ cấu nguồn vốn đầu tư và bổ sung các cơ chế, chính sách hỗ trợ cần thiết đối với dự án Đường ô tô cao tốc Hà Nội - Hải Phòng, Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo: “Nhà nước hỗ trợ chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng, tái định cư của Dự án (khoảng 3.699 tỷ đồng). Giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính bố trí nguồn vốn ngân sách Nhà nước trong kế hoạch đầu tư công trung hạn 2016 - 2020 để hỗ trợ theo quy định.”.
Tuy nhiên hiện nay, trong dự kiến kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 của Bộ Giao thông vận tải (tại văn bản số 3384/BGTVT-KHĐT ngày 31/3/2017 về việc thực hiện công điện số 2247/CĐ-BKHĐT của Bộ Kế hoạch và Đầu tư) chưa tổng hợp khoản kinh phí hỗ trợ giải phóng mặt bằng cao tốc Hà Nội - Hải Phòng nêu trên.
Tại công văn số 4928/BTC-ĐT ngày 14/4/2017 về việc tham gia ý kiến về phương án phân bổ chi tiết kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020, Bộ Tài chính đã có ý kiến: Thực tế phân bổ vốn của Bộ, ngành, địa phương cho các dự án chuyển tiếp là 164.965 tỷ đồng (mới đảm bảo được 61% nhu cầu); trong đó có nhiều dự án quan trọng đã có ý kiến chỉ đạo của lãnh đạo Đảng, Nhà nước chưa được bố trí đủ vốn, trong đó có kinh phí hỗ trợ GPMB cao tốc Hà Nội - Hải Phòng khoảng 3.699 tỷ đồng.
Từ tình hình trên, đề nghị Tổng Công ty Phát triển hạ tầng và Đầu tư tài chính Việt Nam (VIDIFI) làm việc với Bộ Giao thông vận tải báo cáo Bộ Kế hoạch và Đầu tư để xem xét khả năng bố trí khoản kinh phí hỗ trợ giải phóng mặt bằng cao tốc Hà Nội - Hải Phòng, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết đinh.